对内依照国家法律法规实施渔业执法管理，保护渔业资源及其水域环境，维护渔民合法权益，促进渔业可持续发展；对外代表中华人民共和国行使渔政渔港监督管理权，维护国家海洋与渔业权益。
　　（1）参与研究并贯彻执行国家渔业发展的方针政策和法律法规，拟定区域性渔业资源保护及合理利用的措施、办法，并组织贯彻实施；
　　（2）负责组织、指导、协调辖区内渔政渔港管理工作，监督、检查渔业法律法规及国际公约、双边或多边渔业协定在辖区内贯彻执行情况，会同有关部门依法调查处理重大渔业纠纷和涉外事件；
　　（3）组织实施渔业许可制度，审核、发放和注销渔业捕捞许可证、限额捕捞指标，征收渔业资源增殖保护费；
　　（4）组织辖区内渔业资源监测和渔业水域生态环境监测，开展水生野生动植物保护工作；
　　（5）负责南沙海域的综合管理，组织落实南沙守礁、渔场管理、养殖开发工作的实施；
　　（6）执行国家无线电通信管理工作的方针、政策，组织实施渔业无线电管理和南海区渔业信息系统建设工作；
　　（7）贯彻执行国家渔港监督、渔业水上交通安全管理的法律法规及国际公约等；
　　（8）组织、指导地方开展渔政渔港监督管理人员的业务培训，加强渔业执法队伍建设；
　　（9）完成农业部交办的其他工作等。